Projet : "A toolbox to tag and characterize small proteins in bacteria"
- Quelle est l'origine de votre collaboration et la genèse de ce projet ?
Récemment, des techniques ont été développées pour localiser des sites d’initiation de la traduction bactérienne à l’échelle du génome entier, comme l’« inverse toeprinting » développé par l’équipe d’Axel Innis. Cela a permis d’identifier des centaines de cadres de lecture ouverts de petites tailles (sORF), dont certains sont traduits en petites protéines fonctionnelles (<100 acides aminés). Pour certains de ces sORFs, la traduction a été confirmée in vivo, mais il reste difficile d’identifier leur fonction et leur localisation. L’ajout d’une étiquette sur ces petites protéines permettraient de les caractériser. Cependant, la plupart des étiquettes largement utilisées (par exemple la fusion avec une protéine fluorescente telle que la GFP (Green Fluorescent Protein)) ne sont pas compatibles avec les petites protéines, car elles peuvent altérer les propriétés biophysiques, et / ou la localisation et la fonction de ces protéines.
Publication : Seip et al, 2018, Life Science Alliance. doi: 10.26508/lsa.201800148.
- Pourriez-vous nous décrire votre projet soutenu par AAP en quelques mots et où en êtes-vous de votre projet et en quoi l'aide du département a pu vous aider à le démarrer ?
Nous testons actuellement plusieurs techniques pour rajouter une étiquette de petite taille sur les petites protéines. Les étiquettes permettent de rajouter soit un fluorophore, soit une fonction crosslinking/enrichissement pour pouvoir identifier les protéines d’interaction. Les différentes techniques seront comparées sur des petites protéines connues pour évaluer l’efficacité de ces techniques et vérifier qu’elles ne perturbent pas la localisation et la fonction de ces protéines. Le département a financé l’achat de réactifs pour la synthèse de nouvelles molécules qui permettent de rajouter une étiquette de manière spécifique sur des protéines. Il a aussi financé un appareil pour faire du crosslinking et différents réactifs de biologie moléculaire.
Ce projet se situe à l’interface de la biologie et de la chimie. La chimie peut permettre de répondre à certaines problématiques des biologistes, notamment pour synthétiser des molécules outils qui vont nous permettre de visualiser des protéines et mieux comprendre le fonctionnement de certains processus biologiques. Cette complémentarité entre différentes disciplines du département STS est une force pour développer de nouveaux projets de recherche.