Victor de Villedon de Naide est en 3ème année de thèse à l'IHU Liryc, sous la direction d'Aurélien Bustin, professeur au CRCTB. Dans le cadre de son doctorat, il participe à l'amélioration des protocoles d'IRM cardiaque pour les patients et les professionnels de santé. Étant parvenu à développer une séquence et une méthode d'analyse automatique par intelligence artificielle (IA), capables d'optimiser à la fois le temps d'acquisition et de traitement des images obtenues par IRM, il a décidé de concourir à Mature Your PhD+. Ce programme, qui offre la possibilité aux doctorants lauréats de bénéficier d'un accompagnement personnalisé de la SATT AST (cellule de transfert technologique de l'université de Bordeaux) afin de valoriser leurs résultats de recherche, a permis à Victor d'amorcer un processus de commercialisation de sa technologie.
- Vous êtes doctorant à l'IHU Liryc, comment en êtes-vous arrivé à faire une thèse ?
J'ai commencé par un diplôme universitaire de technologie (DUT) à Angoulême en génie électrique et informatique industrielle (GEII). À la fin de ces deux années de formation, j'ai eu l'opportunité, grâce à ma professeure d'anglais, de partir en année sabbatique en Australie. Une fois revenu en France, je suis allé à Poitiers pour préparer une licence puis un master en objets connectés, qui m'a permis de me perfectionner en programmation et de faire un peu d'IA. À la fin du M2, j'ai cherché un stage. Je voulais le faire absolument à l'étranger, mais je n'ai essuyé que des refus parmi la quarantaine de demandes que j'avais faites. Heureusement, j'avais un plan B en France : l'IHU Liryc, l’institut des maladies du rythme cardiaque. Ç’a finalement été un choix plus qu'heureux puisque ces six mois, durant lesquels j’ai été encadré par Aurélien Bustin, m'ont offert la possibilité de découvrir l'imagerie médicale, un domaine qui m'a passionné et qui m'a permis d’appliquer mon expertise au service de la cardiologie.
Être lauréat Mature Your PhD+ me permet donc d’accélérer le processus de déploiement et de bénéficier d'un accompagnement personnalisé de la part de professionnels de la valorisation et du transfert de technologies vers l'industrie.
À la fin de mon stage, j’ai effectué une année en tant qu’ingénieur, durant laquelle j’ai confirmé mon intérêt pour ce domaine et pour la recherche. À la fin de cette année, après m’être assuré que le sujet me passionnait, que l’environnement de travail était sain et, surtout, que la relation avec mon superviseur était bonne, je me suis lancé dans un doctorat.
- Vous travaillez sur l'IRM cardiaque, pouvez-vous expliquer un peu plus précisément votre projet de thèse ?
Pour expliquer sur quoi je travaille en doctorat, il faut partir de son contexte. En Europe, 10 % de la population souffre d'une maladie cardiovasculaire. L'IRM cardiaque est un outil incontournable pour le traitement et le suivi des patients atteints d’une pathologie affectant le cœur. Cependant, c'est une technique qui est aussi confrontée à un problème majeur : le temps d’attente pour obtenir une IRM est estimé à 4 à 6 mois. Cette attente s’explique par la grande complexité de l’IRM cardiovasculaire.
Dans un premier temps, l’IRM cardiaque est inconfortable pour le patient. Lors d’un examen cardiaque, le patient doit rester entre 40 minutes et 1 heure dans la machine sans bouger, et effectuer en moyenne 60 apnées. Ces contraintes sont dues notamment au mouvement. Lorsqu’on veut acquérir des images du cœur, il y a plusieurs types de mouvements à prendre en compte si l’on veut garantir une image de bonne qualité. Il y a le mouvement du muscle cardiaque (lorsqu’il bat), le mouvement du cœur lié à la respiration, et le mouvement du patient dans la machine. Dans un second temps, si l’on veut établir un diagnostic précis, il faudra analyser plusieurs types d’images pour en extraire les biomarqueurs nécessaires, et donc lancer plusieurs séquences, ce qui explique la durée du protocole cardiaque.
Séquence Spot Mapping - Annonce de la publication dans Nature Communications présentant le projet, université de Bordeaux (Facebook)
Ensuite, le manipulateur radio – la personne qui paramètre les séquences et qui communique avec le patient – doit paramétrer une à une les nombreuses séquences, ce qui prend énormément de temps. Cela peut aller jusqu'à 400 clics par examen cardiaque (contre 30 clics pour un examen du cerveau).
Une fois les images récupérées, un radiologue (ou cardiologue) est en charge d'analyser les images, c’est-à-dire d’extraire les données diagnostiques – les biomarqueurs – afin de construire un diagnostic précis. Aujourd’hui, cette analyse se fait manuellement et comprend notamment le contour (segmentation) de différentes zones d’intérêt (muscle du cœur, cicatrices d’infarctus, inflammation, etc.). C’est une tâche répétitive, laborieuse, et extrêmement chronophage. Pour donner un ordre d'idées, on récupère environ 1000 images sur l’ensemble d’un protocole d’IRM cardiaque. Pour compliquer le tout, l’utilisation de séquences différentes implique que, pour une même coupe, le cœur n’est pas positionné au même endroit sur l’image, donc le radiologue ne pourra pas copier-coller les contours qu’il a déjà tracé : tout est à refaire pour chaque séquence.
Mon projet vise à répondre à l'ensemble de ces enjeux, dans l'objectif d'améliorer l’IRM cardiaque actuelle, et plus particulièrement les conditions du patient, du manipulateur radio et du radiologue. Je travaille notamment sur une séquence appelée "SPOT-MAPPING" qui fait du 3 en 1 : en une seule séquence, elle permet de récupérer l’équivalent de 3 séquences (donc 3 types d’images avec des informations différentes). Dans notre cas, on obtient une image en « sang-blanc » qui donne des informations sur l’anatomie du cœur, une image en « sang-noir » qui permet de détecter des cicatrices d’infarctus, et ce que l’on appelle une cartographie T2 qui permet d’obtenir des informations sur l’inflammation du muscle cardiaque. L’autre avantage de cette séquence est que, toutes ces images étant acquises dans la même séquence et pendant les mêmes apnées, il est possible de les superposer – les fusionner : par exemple on peut visualiser la cicatrice en couleur dans le cœur, ce qui n’était pas possible auparavant.
Images de la séquence SPOT-MAPPING avec segmentation du myocarde et représentation des biomarqueurs. Crédits illustration : Victor de Villedon de Naide
Grâce à la séquence SPOT-MAPPING, moins d’apnées sont demandées au patient, le protocole cardiaque est plus court, le manipulateur radio n'a à paramétrer qu’une seule séquence, et le radiologue voit son analyse simplifiée et accélérée. Dans notre projet, nous avons introduit des modèles d'intelligence artificielle pour assister (et non remplacer) le radiologue dans l’analyse des images (extraction des biomarqueurs). Tous les contours des différentes régions d’intérêt sont déjà tracés, ce qui lui permet de se concentrer pleinement sur son expertise et de consacrer plus de temps à l'établissement du diagnostic.
Évidemment, l’IA peut toujours se tromper, et c’est pour ça que le radiologue garde toujours le dernier mot : il peut toujours modifier ce qui a été produit.
Il est important d'ajouter que ce projet, parmi tant d’autres, est le fruit d’une étroite collaboration avec l’hôpital Haut-Lévêque, spécialisé en cardiologie. Nous sommes en contact constant avec le personnel médical : ils nous font part de leurs besoins, qui se transforment en projets.
Pipeline de la séquence SPOT-MAPPING, et de son analyse entièrement automatisée. Crédits illustration : Victor de Villedon de Naide
- Mais, confier des données de patients à une IA ne posera pas de problème de confidentialité ?
Non, en aucune manière ! Il est bien sûr essentiel de protéger les données des patients. En amont de l'analyse par l'IA, une anonymisation complète des données médicales est réalisée.
- Pouvez-vous en dire un peu plus sur ce concours ? C'est quoi Mature Your PhD+ ?
Mature Your PhD+ est un programme proposé par l'université de Bordeaux en collaboration avec la SATT, qui vise à valoriser les résultats de recherche des jeunes chercheurs. Lorsque l’on est lauréat, cela nous offre l'opportunité d'aller au-delà de ces résultats pour leur donner du sens. Nous avons l’opportunité d’amener notre projet soit vers une commercialisation, soit vers une start-up, tout en étant accompagnés par des professionnels.
Mature Your PhD+ permet aussi de bénéficier de 3 mois supplémentaires de doctorat, avec une bourse dédiée, permettant de porter notre projet sans impacter le bon déroulement des travaux de thèse.
- Pouvez-vous détailler un peu plus ? Que va vous apporter le fait d'être lauréat Mature Your PhD+ ?
Tous nos projets naissent des besoins évoqués par le personnel du CHU Haut-Lévêque, spécialisé en cardiologie, avec qui nous sommes en constante communication. Une fois finalisés, le but est donc d’amener ces projets directement en clinique. Cela peut donc passer par une commercialisation de ces projets, pour qu’ils puissent non seulement être utilisés à Bordeaux, mais également dans d’autres centres, à l’échelle nationale et internationale.
Notre but reste l'amélioration des protocoles cardiaques pour les patients et les professionnels de santé. Pouvoir vendre à plusieurs industriels est donc la condition sine qua non à la réussite de cet objectif.
Ce processus prend généralement du temps. Être lauréat Mature Your PhD+ me permet donc d’accélérer ce processus de déploiement et de bénéficier d'un accompagnement personnalisé de la part de professionnels de la valorisation et du transfert de technologies vers l'industrie, en l’occurrence Christian Massus, Anne-Lise Jolly et Liêm Huynh-Van qui font partie de la SATT. Cela me permet également de travailler sur des aspects qui sont nouveaux pour moi, comme l’étude de marché, qui est une étape primordiale pour analyser ce qui existe aujourd’hui et déterminer comment notre projet peut se différencier.
- Pourquoi avoir passé ce concours ?
J'avais vu l'appel à candidatures et j'avais envie de voir mon projet se concrétiser et aller au-delà de simples résultats de recherche. De plus, dans le milieu de la santé et de la recherche, on est, la plupart du temps, amené à déployer des projets de ce type. Je me suis donc dit que cette expérience serait enrichissante quelle que soit l’issue, et que toute expérience est bonne à prendre.
- Quelle aide avez-vous reçue - et de qui - pour vous préparer à ce concours ?
J’ai eu la chance d’être bien accompagné pour la préparation de Mature Your PhD+, de la construction du dossier préliminaire au pitch final. Aurélien Bustin, mon directeur de thèse à l’IHU Liryc, m'a tout d’abord accompagné pour monter le dossier préliminaire dans lequel on décrit notre projet et la stratégie de commercialisation que l’on compte entreprendre.
Une fois le dossier accepté, on doit préparer un pitch de 5 minutes, à réaliser devant 15 membres de l’Université de Bordeaux. Le but est de les convaincre pour qu’ils soutiennent notre projet. En amont de cet oral, une rencontre est organisée par l’Université de Bordeaux avec Lorena Delgado (chargée Innovation Santé), et Estèle Jouison (vice-présidente en charge de l’orientation, de l’insertion professionnelle et des territoires), afin de guider la préparation du pitch. J’ai également pu bénéficier de l’aide précieuse de Cédric Delbos (responsable valorisation à l’IHU Liryc), qui m’a aidé à perfectionner ma prise de parole dans un contexte de valorisation.
Cérémonie de remise des prix Mature Your PhD+ 2025. Crédits photo : université de Bordeaux
- Est-ce que vous êtes content d'y avoir participé et est-ce que vous auriez des conseils pour vos camarades qui voudraient tenter l'expérience ?
Je suis bien sûr très content d'avoir pu participer à ce programme. On apprend beaucoup et on travaille avec des professionnels de domaines différents.
Je donnerais comme conseil de valoriser le plus tôt possible les résultats de sa recherche, par exemple via un brevet. Nous en avions déposé un sur la séquence SPOT-MAPPING et son analyse automatique (projet que j'ai soumis à Mature Your PhD+). Cela montre l’importance et le potentiel du projet, et je pense que cela a joué en ma faveur dans l'obtention de ce prix. Pour finir, je dirais qu'il faut tenter ce programme quoi qu'il arrive, car c'est une opportunité incroyable de présenter et défendre un projet qui nous tient à cœur et de le mettre en œuvre.
Mature your PhD+
Le concours Mature ton PhD+ est ouvert à l'ensemble des doctorants et doctorantes partenaires du consortium InnovationS (UB, UBM, CNRS, Inserm, Bordeaux INP, Sciences Po Bordeaux, Bordeaux Sciences Agro, Inrae, Inria, CHU de Bordeaux, Estia, ENSAP, ENSAM, IOGS).
- un financement pour trois mois de contrat additionnel au doctorat, et pour du fonctionnement si besoin,
- un accompagnement personnalisé du doctorant par la Société d’Accélération du Transfert de Technologie AST (analyses techniques, socio-économiques et marché, en propriété intellectuelle ...)
Contact : service Dev Innovation de l’université de Bordeaux - dev.innovation@u-bordeaux.fr
Interview réalisée par Claudine Boiziau et Clémence Faure
Crédits photos : Clémence Faure, département STS, université de Bordeaux | Romane Marcel , IHU Liryc (Photo de couverture)
Crédits illustrations : Victor de Villedon de Naide et le projet SMHEART, IHU Liryc